雨水进入棚室后，导致土壤中有害杂菌增多，利于根部病害的传播和蔓延。
大棚轻微进水，开头来说要做好表层土壤的消毒，可以选择广谱性的杀菌剂，如百菌清、甲基硫菌灵、多菌灵，细菌类药剂可以选择铜制剂、春雷霉素、噻唑锌等，进行土壤表层药剂喷雾，杀灭地表的病原菌。喷药时要注意喷洒全面，地表、立柱等都要喷洒到，以保证杀菌效果。
喷洒杀菌剂后，待土壤湿度降低后，建议冲施或灌施生物农药，如枯草芽孢杆菌、放线菌、哈茨木霉菌等，抑制病原菌增殖，促进根系生长，避免根部病害发生。
若大棚进水较多，应及时抽干或排出，尽可能地降低土壤湿度，最大力度保护根系。经过抽水排涝或晾晒后，根据蔬菜的生长状况，及时进行划锄。
划锄可以依照“一大一小”的操作方式进行，操作行大划锄，定植行根据作物生长情形和根系分布情况，适当小划锄（划锄面积要窄小），有利于打破土壤表层的板结，增加土壤水分的蒸腾量，降低土壤湿度。
划锄后全棚撒施多菌灵，对土壤进行消毒杀菌处理。同时，使用咯菌腈、吡唑醚菌酯、噻唑锌等药剂进行灌根，也可冲施氯溴异氰尿酸、恶霉灵等药剂，预防根腐病和部分茎部病害的同时，完成对土壤的二次杀菌。
